Todo induce a pensar que su construcción estuvo motivada, sobre todo, por el incremento que experimentó la devoción a Santa Orosia a lo largo del siglo XVII.
Las reducidas dimensiones del templo de la Cueva serían insuficientes para acoger a la cada vez más numerosa afluencia de devotos que peregrinaba a dicho santuario. Su angosto recinto no sólo se vería desbordado, sino que su mismo emplazamiento, suspendido en medio de la roca, entrañaba un evidente peligro. La creciente magnitud que a lo largo de ese siglo adquirió la fiesta de Santa Orosia requería de un templo capaz de albergar a la multitud allí congregada. Pero, la construcción del nuevo templo no impidió que un buen número de actos romeros de menor importancia siguieran celebrándose en la Cueva.
Sobre la fecha y otros detalles de su construcción nos da sobrada cuenta la precisa inscripción grabada en las piedras que soportan la pila del agua bendita, situada a la entrada del templo. Sus obras se prolongan desde el 3 de junio de 1665 hasta el 10 de septiembre de 1669, día en que se bendizio i se dixo la I Misa. Esta fecha del 10 de septiembre, inauguración del templo, quedó marcada para la posteridad como día del Voto a Santa Orosia de los pueblos de Isún y Sardas.
La mencionada inscripción especifica a continuación el coste de la obra: 1.115 libras, así como las fuentes de financiación: HIZOLA DE LIMOSNAS LA VILLA – DE YEBRA Y OTROS LUGARES - Y PERSONAS PARTICULARES SUS - COMARCANOS COSTO 1115 L(ibr)AS. A calcular lo que supone esta cantidad, puede ayudarnos el recordar que por esas fechas un albañil percibía un jornal diario de 7 sueldos jaqueses, y que una libra jaquesa equivalía a 20 sueldos. Es de suponer que, como era habitual en estos casos, hubiera abundante mano de obra voluntaria y gratuita.
Como ejecutor y garante inmediato de la obra se nombra en la inscripción al entonces párroco de Yebra: SIENDO RECTOR EL D. MIGUEL TH – OLOSANA, que ocupó dicha rectoría entre 1658 y 1675. Todo indica que fue un clérigo activo y generoso, a quien, además de impulsar la construcción del santuario del Puerto, se le debe la ampliación de la antigua abadía, o casa cural de Yebra. Así es como en 1673 el Visitador General escribe: Por quanto nos ha constado que Moss. Miguel Tolosana rector del lugar de Yebra ha gastado y empleado de sus propios bienes en haber augmentado la Abadia y en reparos de ella mas de mil y duzientos sueldos jaqueses y porque es justo esto tenga alguna remuneración y que los que deben hazerla son los Rectores que por tiempo seran de dicho lugar, pues son los que han de gozar de la conveniencia y comodidad de dicha Abadia. Por tanto mandamos se funden en dicha Yglesia Parroquial, como nos desde luego fundamos, doze misas rezadas celebradas en cada un año, una cada mes por los rectores que por tiempo seran de dicho lugar en sufragio del alma del dicho Mos. Miguel Tolosana (2º Sacr. 214).
Su planta de salón con tres naves, prolongada la central en un presbiterio rectangular, nos recuerda a la parroquial de Yebra. Las naves laterales son más bajas y sus bóvedas de crucería simple. La bóveda de la nave central es de cañón seguido. Todo el techo se apoya sobre cuatro columnas en planta de cruz. El coro elevado descansa sobre el atrio de entrada y sobre él se levanta la torre.
Si atendemos a su orientación, observamos que su fachada principal, donde se localizan los elementos más decorativos de su aspecto exterior: torre y lonja, mira hacia la Cueva. Esto obliga a que su orientación esté invertida con respecto a los usos litúrgicos tradicionales en la época: el ábside debía dirigirse hacia oriente.
Adosada a la parte posterior de la iglesia, y constituyendo una misma unidad arquitectónica, se ubica la llamada Casa Vieja. El desastre bélico de 1936 despojó a este templo de todos sus bienes y ornamentación. Los documentos escritos y gráficos disponibles nos posibilitarán conocer algunos de los elementos que en otros tiempos lo embellecieron y dignificaron.
Como el retablo del altar mayor, desaparecido el año 1936 y que gracias a una fotografía, descubrimos que se trataba de una obra de estilo churrigueresco, con zócalo, banco, cuerpo y ático. Un cuadro de grandes dimensiones, que reproducía el martirio de la Santa, destacaba sobre el resto de la composición. Toda la riqueza de elementos decorativos que rodean a esta pintura central parece estar destinada a enaltecer y magnificar el acto sublime del martirio. A ambos costados del cuadro se alzan dos pares de columnas salomónicas, profusamente adornadas. A lo largo de sus fustes revolotean, en las más variadas posturas, hasta doce figuras de ángeles. Entre el resto de la decoración que adornaba las columnas abundan racimos de uva y tallos de vid.
El retablo que preside actualmente el altar mayor del santuario procede de Biel, pueblo de donde se trajo en los años 40 del siglo pasado.